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Lors de la survenue d'un épisode El Niño, les températures de surface de l'océan Pacifique équatorial sont anormalement élevées. Ainsi, lors du dernier épisode El Niño, au cours de l'hiver 2015-2016, l'anomalie avait atteint une valeur record de +2.8°C. Pour l'épisode à venir, l'anomalie devrait être beaucoup plus modeste et atteindre environ +1°C avec un maximum dans la partie centrale du Pacifique. Cette configuration est étudiée attentivement par les prévisionnistes et reste à préciser dans les prochains mois.
L'océan Pacifique étant le moteur principal du climat de la Terre, les anomalies climatiques qui s'y produisent sont des causes majeures de variabilité du climat. Un phénomène El Niño, même modéré, a ainsi une incidence marquée sur le climat de nombreuses régions proches : les précipitations sont ainsi généralement excédentaires sur le Pacifique et déficitaires de part et d'autre, sur l'Australie, l'Indonésie et les Philippines, d'une part et sur le Nord de l'Amérique du Sud et les Caraïbes d'autre part. Les précipitations sont également augmentées sur le Sud des États-Unis. À plus longue distance, l'Afrique est aussi impactée, avec un manque de pluie sur l'Afrique Australe et un excédent dans la région des Grands Lacs.
Un phénomène El Niño tend également à faire monter la moyenne mondiale des températures, et certaines régions sont plus particulièrement impactées notamment l'Amérique du Sud, l'Australie, le Sud-Est asiatique, le Sud de l'Afrique, l'Alaska et le Canada.
Pour l'Europe, aucun impact climatique systématique n'a été mis en évidence à ce jour, lors des épisodes El Niño. Lors du dernier épisode, l'hiver avait été particulièrement doux sur la France, avec des records de chaleur en décembre 2015, mais lors de l'épisode de 2009-2010, l'hiver avait été nettement plus froid que la normale. Il est encore trop tôt pour connaître la tendance pour l'hiver prochain, rendez-vous fin novembre pour le bulletin de prévision saisonnière de décembre-janvier-février.
